ในปี ค.ศ. 2010 ฟรันซิสโกได้เริ่มต้นอาชีพการบริหารงานของเขา โดยได้ทำการฝึกสอนในหลายลำดับชั้นการแข่งขันให้แก่สโมสรอัลเมริอาของเขา[2] เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน ค.ศ. 2013 หลังจากร่วมทำหน้าที่ให้แก่ทีมสำรองในช่วงสองฤดูกาล เขาก็ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกุนซือของทีมหลักในการแข่งขันเซกุนดาดิบิซิออน ฤดูกาล 2012–13[3]

หลังจากเกือบถูกผลักไสออกจากทีมในวันแข่งขันสุดท้าย ฟรันซิสโกได้ลงนามในสัญญาใหม่หนึ่งปีกับ โรฆิบลังโกส เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 2014 [4]